La Asociación WAFAE fue creada en 1998 por un grupo de jóvenes de origen marroquí (procedentes de Tánger) que conjuntamente con jóvenes catalanes comenzaron a realizar actividades sobre interculturalidad y de difusión de la cultura árabe en el marco de la Universidad Politécnica de Cataluña, a la que muchos de ellos estaban vinculados como estudiantes. La Asociación WAFAE se constituye desde el origen como una entidad sin ánimo de lucro, formada por ciudadanos/as de diferentes culturas y grados de formación.
Con el tiempo la asociación fue creciendo en número de voluntarios/as, la mayoría procedentes del ámbito universitario, y a realizar proyectos dirigidos tanto desde la sociedad de acogida, como también hacia Marruecos, a partir de Campos de Trabajo, de actividades en escuelas tangerinas y españolas, así como poco a poco se fueron gestando proyectos de codesarrollo y cooperación internacional.
Parte de los miembros de la Asociación WAFAE provienen de Marruecos lo cual facilitó el inicio de las relaciones entre la Asociación WAFAE y la Asociación ALAMAL para el desarrollo cultural y social, contraparte que ejecuta junto con el personal expatriado de la entidad, los proyectos en terreno. Dicha relación se inició en 1999, dando lugar a la creación de diferentes actividades y proyectos conjuntamente en beneficio de la población tangerina.
Desde el año 2005 se inaugura en Hospitalet del Llobregat el primer Centro Wafae, a partir del cual se ofrecen diferentes servicios a la comunidad. Posteriormente se inauguró el Centro Wafae en Elche, Alicante que alberga también la delegación de la entidad en dicha provincia.
Desde sus inicios la entidad ha ido creciendo poco a poco en su estructura como en socios y usuarios, que ha hecho posible que la entidad ampliara así los sectores en los que trabaja y la zona y ámbitos de actuación de la propia entidad, tanto en España como en Marruecos.