La Asociación WAFAE fue creada en 1998 por un grupo de jóvenes de origen marroquí (procedentes de Tánger) que, conjuntamente con jóvenes catalanes/as, comenzaron a realizar actividades sobre interculturalidad y de difusión de la cultura árabe en el marco de la Universidad Politécnica de Cataluña, a la que muchos de ellos/as estaban vinculados como estudiantes. La Asociación WAFAE se constituye desde el origen como una entidad sin ánimo de lucro, formada por ciudadanos/as de diferentes culturas y grados de formacion.
Con el tiempo la asociación fue creciendo en número de voluntarios/as, la mayoría procedentes del ámbito universitario, y empezó a realizar proyectos dirigidos tanto desde la sociedad de acogida, como también desde y para Marruecos, a partir de Campos de Trabajo, de actividades en escuelas tangerinas y españolas, y así poco a poco se fueron gestando proyectos de codesarrollo y cooperación internacional.
Parte de los miembros de la Asociación WAFAE provienen de Marruecos lo cual facilitó el inicio de las relaciones entre la Asociación WAFAE y la Asociación ALAMAL para el Desarrollo Cultural y Social, contraparte que ejecuta, junto con el personal expatriado de la entidad, los proyectos sobre el terreno. Dicha relación se inició en 1999, dando lugar a la creación de diferentes actividades y proyectos conjuntos en beneficio de la población tangerina.
El año 2005 se inaugura en Hospitalet del Llobregat (Barcelona) el primer Centro WAFAE, en el cual se ofrecen diferentes servicios a la comunidad. Posteriormente se inauguró el Centro WAFAE en Elche (Alicante) que alberga también la delegación de la entidad en dicha provincia.
Desde sus inicios la entidad ha ido creciendo tanto en su estructura como en el número de socios y usuarios, hecho que ha posibilitado que la entidad ampliara así los sectores en los que trabaja y la zona y ámbitos de actuación, tanto en España como en Marruecos.